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一种优化DNA计算模板性能的新方法

A New Method to Optimize the Template Set in DNA Computing

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【作者】 刘文斌朱翔鸥王向红张强马润年

【Author】 Liu Wen-bing① Zhu Xiang-ou① Wang Wiang-hong① Zhang Qiang② Ma Run-nian③ ①(College of Computer Science and Engineering, Wenzhou University, Wenzhou 325035, China) ②(University Key Lab of Information Science & Engineering, Dalian University, Dalian 116622, China) ③(Telecommunication Engineering Institute, Air Force Engineering University, Xi’an 710077, China)

【机构】 温州大学计算机科学与工程学院大连大学信息科学与工程重点实验室空军工程大学电讯工程学院 温州325035温州325035大连116622西安710077

【摘要】 编码问题是目前DNA计算中的重点和难点之一,该文介绍了影响编码的各种因素及模板编码的基本思想。在此基础上分析了移位杂交出现的原因,提出了提高模板结合移位距离的一种新算法。该算法一方面降低了搜索空间,另一方面筛选了那些自身移位距离性质差的序列因而提高了算法的效率。计算结果表明模板集合的性能明显提高。此外,在保持01含量基本不变的情况下,适当扩展模板集合的搜索范围可以增加模板的数量。

【Abstract】 The encoding issue is a most fundamental one in DNA based computing. In this paper, the various factors that influence the encoding problem and the general idea of the template encoding method are first introduced. Then the reason of the shift hybridisation occurred in DNA computing is presented. And a new method is proposed to search template set with high shift distance. Additionally, to increase the search space can also increase the number of template string.

【关键词】 DNA计算编码问题模板编码方法
【Key words】 DNA computationEncoding issueTemplate method
【基金】 国家自然科学基金(60403002,60403001,30670486);中国博士后科学基金(2004036130);浙江省自然科学基金(Y106654,Y405553)资助课题
  • 【文献出处】 电子与信息学报 ,Journal of Electronics & Information Technology , 编辑部邮箱 ,2008年05期
  • 【分类号】TP301.6
  • 【被引频次】6
  • 【下载频次】130
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