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枯草杆菌基因组中的回文结构

Palindromes in Bacillus subtilis genome

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【作者】 李培芳李宏林昊

【Author】 LI Pei-fang1,LI Hong2,LIN Hao2 (1.School of physics and Electronic information,Inner Mongolia National University,Tongliao 028000,China;2.Department of physics,Inner Mongolia University,Hohhot 010022,China)

【机构】 内蒙古民族大学物理与电子信息学院内蒙古大学理工学院物理系内蒙古大学理工学院物理系 通辽028000呼和浩特010022

【摘要】 统计了枯草杆菌全序列中中间间隔S从0到29、侧翼序列长度L从4开始的所有回文结构,以及这些回文结构在编码区和非编码区的分布。通过分析不同S、L的回文结构的频数以及AT含量,发现枯草杆菌基因组中长的回文结构是过表达的、AT含量高并且对非编码区有偏好。

【Abstract】 All palindromes(gap from 0 to 29,length start from 4)in Bacillus subtilis geneme,coding and non-coding sequence were statisticed.The frequence and AT content of palindrome with different gap and length were analyzed.The conclution is that long palindromes are over-represented,AT-rich and preferentially located in the non-coding regions.

【关键词】 回文结构枯草杆菌频数AT含量
【Key words】 PalindromeBacillus subtilisFrequenceAT content
  • 【文献出处】 生物信息学 ,China Journal of Bioinformatics , 编辑部邮箱 ,2007年04期
  • 【分类号】Q93
  • 【被引频次】1
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