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从小麦EST序列中开发新的SSR引物

Developing New SSR Markers from EST of Wheat

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【作者】 陈军方任正隆高丽锋贾继增

【Author】 CHEN Jun-Fang 1,2.,REN Zheng-Long2,GAO Li-Feng1,JIA Ji-Zeng 1,*. ( .1Key Laboratory of Crop Germplasm & Biotechnology, Ministry of Agriculture, Institute of Crop Germplasm Resources, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100081; .2 Department of Plant Breeding and Genetics, Sichuan Agricultural University, Ya’an 625014, Sichuan, China)

【机构】 中国农业科学院作物品种资源研究所四川农业大学农学院遗传育种系中国农业科学院作物品种资源研究所 农业部作物种质资源与生物技术重点开放实验室北京100081四川农业大学农学院遗传育种系四川雅安625014农业部作物种质资源与生物技术重点开放实验室北京100081北京100081

【摘要】 小麦EST数量的迅速增加为开发新的SSR标记提供了宝贵的数据资源 ,本实验从国际小麦族EST协作网 (ITEC)上公布的 10 380条EST序列中检索到 4 4 4条含有SSR的序列 ,检出率为 4 1%。其中含二核苷酸重复单元和三核苷酸重复单元的SSR ESTs分别为 34条 (7 7% )和 347条 (78 0 % )。利用这些SSR ESTs序列共设计 135对cSSR引物 ,其中 82对在小麦上有扩增产物 ,占所设计引物总数的 6 0 8%。利用小麦缺体 四体 ,32对cSSR引物被定位到小麦除 2D、4B和 4D外的 18条染色体上。

【Abstract】 The growing availability of EST sequences from wheat provides a potential valuable source of new SSR markers. In this study, 444 SSR-ESTs from 10 380 ESTs in the International Triticeae EST Cooperative (ITEC) database, representing 4.1% of the total number of ESTs were identified. Among them, 34 dinucleotide repeats and 347 trinucleotide repeats were found, accounting for 7.7% and 78.0% of the total SSR-ESTs respectively. 135 cSSR primers were designed to sequence flanking SSRs from 175 selected SSR-ESTs, of which 82 primers were efficient in wheat. 32 of the 82 cSSR primers were located on 18 wheat chromosomes except for 2D, 4B and 4D of 21 wheat chromosomes.

【关键词】 ESTSSR-ESTscSSR引物小麦
【Key words】 ESTSSR-ESTscSSR primersWheat
【基金】 国家 8 63项目“小麦新型分子标记开发及抗病、优质、高产新品种培育”(2 0 0 1AA2 110 3 1)
  • 【文献出处】 作物学报 ,Acta Agronomica Sinica , 编辑部邮箱 ,2005年02期
  • 【分类号】S512.1
  • 【被引频次】143
  • 【下载频次】922
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