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基于迭代渐进多序列比对算法研究

Algorithm Based on Iteratively Progressive Multiple Sequence Alignment

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【Author】 ZHANG Min1, 3, FANG Weiwu2, ZHANG Junhua2, CHI Zhongxian1 (1. Department of Computer, Dalian University of Technology, Dalian 116024; 2. Institute of Applied Mathematics, Academy of Mathematics and System Sciences, CAS, Beijing 100080; 3. College of Information Engineering, Dalian University, Dalian 116622)

【机构】大连理工大学计算机系；中国科学院数学与系统科学研究院应用数学研究所；大连理工大学计算机系大连116024；大连大学信息工程学院；大连116622；北京100080；大连116024；

【摘要】提出一种新的迭代渐进多序列比对算法IPMSA。采用公共多序列比对数据库BAliBASE中142组蛋白质序列作为比对测试数据,并与ClustalW进行比较。比对结果的统计分析表明,IPMSA算法的比对准确率高于ClustalW。更多还原

【Abstract】 This paper describes an iteratively progressive multi-sequence alignment algorithm IPMSA. The 142 groups’ proteins in BAliBASE test the validation of the algorithm. The result of comparision with ClustalW shows that the new algorithm improves the accuracy of multiple sequence alignment effectively.更多还原

【关键词】迭代渐进多序列比对；渐进比对算法；迭代策略；准确率；
【Key words】 Iteratively progressive multiple sequence alignment(IPMSA)； Progressive alignment algorithm； Iterative strategy； Accuracy；

【基金】国家自然科学基金资助项目(90103033)

【文献出处】计算机工程 ,Computer Engineering , 编辑部邮箱 ,2005年17期

【分类号】TP301.6
【被引频次】7
【下载频次】228

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