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正交法整体优化差异显示反应体系

Optimizing the Reaction System of DDRT-PCR by Positive-cross Test

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【作者】 柳淑芳杜立新朱靖王爱华李宏滨

【Author】 LIU Shu-Fang~(1,2), DU Li-Xin~(3,①), ZHU Jing~1,WANG Ai-Hua~3,LI Hong-Bin~3(1.College of Animal Science and Technology, Shandong Agricultural University, Taian 271018,China,2.The national center for quality supervision and test of aquatic product, Qingdao 266071, China,3.Institute of Animal Husbandry, Chinese Academy of Agricultural Science, Beijing 100094 ,China)

【机构】 山东农业大学动物科技学院中国农业科学院畜牧研究所中国农业科学院畜牧研究所 泰安271018国家水产品质量监督检验中心青岛266071北京100094泰安271018北京100094

【摘要】 mRNA差异显示PCR(mRNAdifferentialdisplayPCR ,DDRT PCR)是分离差异表达基因的有效方法 ,但该方法的准确性极易受到外部因素和内部因素的影响。采用正交法优化DDRT PCR反应条件 ,充分考虑到模板浓度、锚定引物浓度、随机引物浓度、dNTPs浓度、镁离子浓度以及Taq酶用量等因素在差异显示反应过程中的交互作用 ,一次PCR反应即可确定最佳反应组合。将筛选出的条件用于DDRT PCR ,得到差显结果假阳性率低 ,重复性和稳定性好 ,而且简化了反应条件的优选程序 ,这表明正交法是优化差异显示反应条件的理想方法。为了进一步简化整个差异显示反应系统的操作程序 ,降低假阳性率 ,研究采用了非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 (polyacrylamidegelelectrophoresis,PAGE)和银染显示差异带的方法 ,并用反向Northern法来验证回收条带 ,从而更加优化了差异显示反应体系

【Abstract】 The method of mRNA Differential display PCR (DDRT-PCR) is used to identify differentially expressed genes widely. To improve further the efficiency and reproducibility of the method, the positive-cross test were performed to find the optional conditions of DDRT-PCR by analyzing the six critical parameters of dNTPs, MgCl 2, arbitrary primer, anchor primer, Taq enzyme, and template systematically. The experimental findings delineated the best possible DDRT-PCR conditions for a more reliable assessment of differential gene expression. Additionally, in this study, nondenaturing polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) and silver straining were adopted to reduce the false-positive ratio, and the reclaimed fragments were detected by reverse Northern analysis. Finally, we obtained the optimal condition for DDRT-PCR.

【基金】 国家自然科学基金资助项目 ( 3 0 2 70 949)资助~~
  • 【分类号】Q786
  • 【被引频次】11
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