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问号钩端螺旋体溶血素基因特征分析

Characteristic analysis of hemolysin genes in Leptospira interrogens

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【作者】 张怡轩郭晓奎吴春福赵国屏

【Author】 ZHANG Yixuan,GUO Xiaokui,WU Chunfu,ZHAO Guoping (Shanghai Institutes for Biological Sciences,Chinese Academy of Sciences,Shanghai 200031)

【机构】 中国科学院上海生命科学院,上海第二医科大学病原生物学教研室,沈阳药科大学,中国科学院上海生命科学院 上海,200031沈阳药科大学,上海,200031国家人类基因组南方研究中心

【摘要】 目的 预测问号钩端螺旋体黄疸出血型赖株致病因子———溶血素基因 ,并对其编码蛋白结构特征进行深入分析。方法 使用NCBI ,Swissprot/TrEMBL ,ProDom ,Pfam ,Jpred2 ,TMpred ,SignalP ,ClustW对问号钩端螺旋体黄疸出血型赖株溶血素基因诠释 ,所编码蛋白进行在线分析 ,并使用Bioedit软件进行氨基酸同源性比较分析。结果 确定了问号钩端螺旋体黄疸出血型赖株 9个溶血素基因 ,分为两大类 :鞘磷脂酶类溶血素基因和非鞘磷脂酶类溶血素基因。并对溶血素基因编码蛋白二级结构、结构域、跨膜区域、信号肽及进化等进行了分析。结论 多种类型多条溶血素基因同时存在于钩端螺旋体菌中 ,暗示溶血素基因和钩端螺旋体致病性之间有密切的关系 ,可能在致病过程中起重要作用

【Abstract】 Aim To annotate hemolysin genes which were presumed to be virulent factors of L interogans serovar icterohaemorrhagiae serotype lai,and analyze the characterization of these hemolysin protein thoroughly Methods Using on line database NCBI,Swissprot/TrEMBL,ProDom,Pfam,Jpred 2,TMpred,SignalP,ClustW et al to annotate hemolysin genes on the chromosomes of L interogans serovar icterohaemorrhagiae serotype lai,and using local software Bioedit and Pep Tool to analyse hemolysin amino acid sequence similarities between L interrogans and other pathogenic bacteria Results Nine hemolysin genes on the genome of Leptospira interrogans serovar icterohaemorrhagiae serotype Lai,Were classified into two groups:sphingomyelinase gene and non sphingomyelinase gene,have been annotated The primary and secondary structures,fuctional domains,evolution,transmembrane regions and signal peptide cutting sites of the hemolysin proteins were analyzed Conclusion The phenomena of so many kinds of hemolysins situated on Leptospira chromosome simultaneously imply that hemolysin may be a important virulent factor in the pathogenesis by leptospira

【关键词】 钩端螺旋体溶血素细胞毒性生物信息学
【Key words】 LeptospiraHemolysinCytotoxicityBioinformatics
【基金】 国家高技术研究发展计划 ( 863计划 ) [2 0 0 1AA2 2 3 0 3 1]
  • 【文献出处】 中国人兽共患病杂志 ,Chinese Journal of Zoonoses , 编辑部邮箱 ,2003年03期
  • 【分类号】R377
  • 【被引频次】12
  • 【下载频次】110
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