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利用GeneHub软件分析人类染色体相邻基因的表达相关性

Analysis of expression correlation within adjacent genes along the human chromosomes by GeneHub

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【作者】 郭政张田文李霞杨剑徐建震屠康

【Author】 Guo Zheng, Zhang Tian - weng, Li Xia, Yang Jian, Xu Jian - zhen( Department of Computer Harbin Institute of Technology; Department of Bioinformatics Harbin Medical University;Harbin Gene- Tech Biochip Development Inc., LTD. Harbin 150086, China)

【机构】 哈尔滨工业大学计算机系哈尔滨工业大学计算机系哈尔滨医科大学生物信息学研究室 哈尔滨医科大学生物信息学研究室 哈尔滨基太生物芯片开发有限责任公司 哈尔滨 150086哈尔滨医科大学生物信息学研究室 哈尔滨基太生物芯片开发有限责任公司 哈尔滨 150086

【摘要】 利用我们研制的基因信息融合分析软件GeneHub,按染色体开窗的方法将人类基因组沿着染色体划分为一系列基因群,用不同的相关测度(Pearson相关、Spearman秩相关、欧氏距离)考察这些基因群中所有基因间在二套独立的基因表达谱数据中的平均表达相关性。实验结果表明,与随机基因群相比,染色体上的邻近基因具有显著的表达相关性。约有40%的被检测基因包含于我们检测到的邻近相似表达基因群中。该现象提示真核生物中的基因存在模块化的共表达趋势。

【Abstract】 Human genes are positioned along the chromosomes. Average measures of expression correlation were calculated within each group for two independent gene expression dstasets.The results show about 40% of the tested gene sets were contained in the groups of adjacent coexpressed genes.The correlation between the adjacent genes on chromosomes are significantly higher than what in random gene groups. Our results suggest that genes are modularized to express in eukaryote.

【关键词】 染色体基因表达相关模块
【Key words】 chromosomegene expressioncorrelationmodule
【基金】 国家自然科学基金(399711397,30170515);国家863计划(2002AA222052);国家863计划(2003AA222051);黑龙江科技攻关重点(GB03C602-4);哈尔滨市科技攻关(2003AA3CS113);黑龙江自然科学基金(F0177);211工程“十五”建设项目
  • 【文献出处】 生物信息学 ,Bioinformatiocs , 编辑部邮箱 ,2003年01期
  • 【分类号】Q786
  • 【被引频次】1
  • 【下载频次】129
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