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家猪基因组含有大量保守非编码区(英文)

Numerous of Conserved Non-coding Sequences in the Pig (Sus scrofa) Genome

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【作者】 钟兰李蔚李松岗

【Author】 ZHONG Lan 2,3) LI Wei 3,4) LI Songga ng 2,3,5) ( 2)College of Life Science, Peking University, Bei jing, 100871; 3)Beijing Geno mics Institute, Chinese Academy of Sciences, Beijing, 101300; 4)Laboratory of Bioinformatics, Institute of Biophysics, Chinese Ac ademy of Sciences, Beijing, 100101)

【机构】 北京大学生命科学院,中国科学院生物物理所生物信息研究室,北京大学生命科学院 北京,100871中国科学院基因组信息学中心暨华大基因研究中心,北京,101300,北京,100101,北京,100871中国科学院基因组信息学中心暨华大基因研究中心,北京,101300

【摘要】 用 190万条家猪随机读序分别比对人和小鼠的基因组 ,除去已知基因的外显子和新预测的人的编码区 ,得到大量含有保守非编码区的家猪序列。 11 0 5 %的家猪读序含有“猪 人”保守的非编码区序列 ,3 13%的家猪读序含有“猪 鼠”保守的非编码区片段 ,1 86 %的家猪读序包含“猪 人 鼠”三者保守的非编码区区域。三者保守的非编码区序列跟人的相似性明显高于跟小鼠的相似性。另外 ,很多人、小鼠的非编码RNA基因跟上述含有保守非编码片段的家猪序列至少比对上一次。

【Abstract】 Aligning 1 9 millions of porcine random reads to the genomes of hum an and mouse respectively, and then filtering out known exons and newly predicte d human coding regions, the authors obtained large amount of reads containing c onserved non-coding sequences(CNSs). Among the porcine reads, 11 05% contai ned pig-human two-way CNSs, 3 13% contained pig-mouse two-way CNSs and 1 8 6% contained pig-human-mouse three-way CNSs, and the three-way CNSs are more similar with human t han with mouse. Besides, many of the human and mouse ncRNA genes had similarity with these above porcine reads containing CNSs at least once.

【基金】 “中国 丹麦”家猪基因组国际合作项目资助
  • 【文献出处】 北京大学学报(自然科学版) ,Acta Scicentiarum Naturalum Universitis Pekinesis , 编辑部邮箱 ,2003年06期
  • 【分类号】S828
  • 【被引频次】2
  • 【下载频次】126
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