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用比较聚类法寻找转录因子的结合位点

ALIGN-CLUSTERING ALGORITHM FOR IDENTIFICATION OF TRANSCRIPT FACTOR BINDING SITES

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【作者】 刘军孙健凌伦奖陈润生

【Author】 Liu Jun; Sun Jian; Ling Lunjiang;Chen Runsheng (Institute of Biophysics, Academia Sinica Beijing, 100101)

【机构】 中国科学院生物物理研究所

【摘要】 将动态序列比较和自动聚类算法相结合,对92个mRNA的转录调控区域的所有8元碱基片段进行了分析,得到了52个聚类中心,并与已知的转录因子结合位点相比较,结果表明,用本方法寻找蛋白质基因调控区的转录因子结合位点是简单可行的。

【Abstract】 Combining the alignment and clustering algorithm.we have developed an approach to the finding of transcript faCtor binding regions.We analyses all the octamers of 92 mRNA transcript regions and got 55 cluster centers.The comparison of our result with the known binding regions shows that using this algorithm to make a study of gene regulation is feasible and rational.

【基金】 国家基金
  • 【文献出处】 生物物理学报 ,ACTA BIOPHYSICA SINICA , 编辑部邮箱 ,1996年03期
  • 【分类号】Q75
  • 【被引频次】6
  • 【下载频次】148
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