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用比较聚类法寻找转录因子的结合位点
ALIGN-CLUSTERING ALGORITHM FOR IDENTIFICATION OF TRANSCRIPT FACTOR BINDING SITES
【摘要】 将动态序列比较和自动聚类算法相结合,对92个mRNA的转录调控区域的所有8元碱基片段进行了分析,得到了52个聚类中心,并与已知的转录因子结合位点相比较,结果表明,用本方法寻找蛋白质基因调控区的转录因子结合位点是简单可行的。
【Abstract】 Combining the alignment and clustering algorithm.we have developed an approach to the finding of transcript faCtor binding regions.We analyses all the octamers of 92 mRNA transcript regions and got 55 cluster centers.The comparison of our result with the known binding regions shows that using this algorithm to make a study of gene regulation is feasible and rational.
【关键词】 序列比较;
聚类分析;
转录因子结合位点;
【Key words】 Sequence alignment; Clustering analysis; Transcript factor binding regions;
【Key words】 Sequence alignment; Clustering analysis; Transcript factor binding regions;
【基金】 国家基金
- 【文献出处】 生物物理学报 ,ACTA BIOPHYSICA SINICA , 编辑部邮箱 ,1996年03期
- 【分类号】Q75
- 【被引频次】6
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