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聚合酶链反应中引物的计算机辅助筛选

A COMPUTER-AIDED SELECTION OF OLIGONUCLEOTIDE PRIMER FOR POLYMERASE CHAIN REACTION

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【作者】 李赤波; 吴春根; 郑葆芬;

【Author】 Li Chibo;Wu Chungen;Zheng Baofen(Department of Biophysics,School of Basic Medical Sciences,Shanghai Medical University,Shanghai)

【机构】 上海医科大学基础医学院生物物理学教研室;

【摘要】 利用计算机辅助筛选聚合酶链反应(PCR)的扩增引物。计算机程序根据引物筛选规则编写。这些规则包括:①引物的3′端均以GC对结尾;②引物的长度为18~的个寡核苷酸;③每个引物中的GC含量为45%~60%;④避免引物自身及引物之间的同源性。由此我们设计了SRS小鼠白血病病毒的引物,成功地扩增了3.4kb的大片段目的基因。实验结果证明了由此法筛选出来的引物的有效性和特异性。

【Abstract】 We have designed a computer program which can scan nucleic acid sequences to select primers for polymerase chain reaction.This program is based on a set of rules for selection primers.These rules include:(1)Primers should contain a GCtype sequence pair at their 3’end;(2)The length of each primer should be between 18 to 24 nucleotides;(3) Each primer should have a GC-type sequence content of between 45% to 60% of its total bases;(4)Limit primer loss occurring from primer-self or primer-primer homologies.We have designed a pair of primers of SRS leukemia virus by this method,and successfully amplified 3.4kb products of interest.The results satisfied the effectiveness and specificity of primers selected by this method.

【关键词】 聚合酶链反应; 引物; 计算机;
【Key words】 polymerase chain reaction; primer; computer;
【基金】 国家自然科学基金
  • 【文献出处】 上海医科大学学报 ,ACTA ATADEMIAE MEDICINAE SHANGHAI , 编辑部邮箱 ,1994年02期
  • 【分类号】R446.9
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